Posteriormente, en esa misma década inició Francisco de los Cobos la renovación de Úbeda. El secretario imperial encargó el diseño de la capilla de El Salvador a Diego de Siloé, pero la ejecución la realizó Andrés de Vandelvira, quien acabaría por quedarse al frente de la construcción en 1540. Esto haría que cambiase su residencia a la ciudad, donde permaneció hasta 1555.
Después llegarían los encargos de la capilla de los Benavides en Baeza y los palacios ubetenses.



