La familia Cobos tenía bajo su patrocinio la capilla de la Concepción en la parroquia de Santo Tomás (de la que solo se conservan algunos restos), lugar que sería el panteón familiar, pero al considerarlo insuficiente para el rango que había adquirido el comitente, Francisco de los Cobos (en 1529 fue nombrado comendador mayor de León y consejero de Estado, lo que lo hacía miembro del círculo más cercano al Emperador), inició uno nuevo más acorde a su posición.
En 1535 el todopoderoso secretario imperial pidió al papa Paulo III la expedición de una bula para la construcción de una nueva iglesia bajo la advocación del Salvador y solicitó la autorización de la transferencia de los privilegios, beneficios e indulgencias que habían sido concedidos a la capilla de la Concepción.
Al año siguiente, en 1536, Diego de Siloé entregó la traza y las condiciones de la obra; y el 18 de septiembre de ese mismo año, Andrés de Vandelvira y Alonso Ruiz fueron contratados para su realización. Estos se comprometieron a subir la construcción 15 pies en seis años.
La planta de la capilla es muy original, y consiste en una gran rotonda y una nave rectangular adyacente; esta tiene tres tramos y capillas entre contrafuertes. Ambos espacios están separados por un gran arco toral contrarrestado por dos pequeños cuerpos: uno que es la base de la torre, y el otro que funciona de antesacristía. Este diseño, encuentra su referencia más cercana en la catedral de Granada, obra de Siloé y posible panteón real.
Tras una pausa en la construcción, las obras se reanudaron en 1540 con los mismos maestros ejecutores, pero con la incorporación de novedades en el proyecto: sacristía, portadas laterales y unos balcones interiores. Es aquí don Andrés de Vandelvira realiza su labor más personal y donde podemos ver su mano en la realización. Debemos citar también la intervención del artista francés Esteban Jamete (1515-1565), el cual llegó a Úbeda en 1541, y se encargó de la decoración escultórica del edificio.
SACRISTÍA
Tiene forma rectangular, se dispone de manera oblicua al eje del templo, y en el punto en el que se une la sacristía con el templo se origina un espacio quebrado donde Andrés de Vandelvira situó una puerta en esquina, en la que realiza un gran derroche de virtuosismo debido a la deformación de las dovelas conforme avanzan a la línea de las impostas y de todo el entablamento, cuyas cornisas se proyectan en puntas hacia los extremos. En lugar de columnas, se dispusieron cariátides con cestos de flores en la cabeza que sostienen el entablamento sobre el cual aparece la Virgen de Araceli, que proclama la concordia entre el estado y el pueblo, personificados en el emperador Augusto y la Sibila Cumana (profetisa que anunció a dicho emperador el nacimiento de Jesús) que se arrodillan a sus lados. Se completa el conjunto con dos ángeles a los lados.
En el interior, la sacristía tiene una estructura rectangular con arcosolios laterales en los que se colocan las cajoneras para guardar los enseres de la celebración de la misa. Se cubre todo el espacio con bóveda vaída.
El entablamento está sostenido por cariátides que a su vez descansan en cabezas humanas que hacen la función de ménsulas. Por otra parte, en las enjutas de los arcos están talladas las sibilas del Antiguo Testamento, y cada una porta una cartela con su nombre y su edad. Cada una de ellas se corresponde con un atlante o cariátide y con uno de los medallones inferiores.
La simbología de la sacristía reside en la representación de la sabiduría del mundo antiguo: es el templo de la ley antigua que se rige por la razón filosófica y que aún no ha recibido la revelación del verdadero Dios.
LAS PORTADAS
En la Sacra Capilla del Salvador encontramos tres portadas, la principal que fue diseñada por Diego de Siloé a imagen de la portada del Perdón de la Catedral de Granada, pero ejecutada por Andrés de Vandelvira. La sur, de la que no queda clara la atribución, y la norte diseñada y ejecutada enteramente por el arquitecto alcaraceño y Jamete.
La principal presenta tres cuerpos rematados con frontón triangular y dos torres pequeñas a los lados. La portada, configurada como un gran arco de triunfo, se embute entre dos contrafuertes, decorados en la parte inferior con relieves de los trabajos de Hércules y, en la parte superior, con motivos heráldicos familiares.
El arco de medio punto se sitúa entre pares de columnas corintias en cuyos intercolumnios hay hornacinas vacías. En el intradós del arco se presentan a través de relieves diferentes dioses olímpicos: Eolo, Vulcano, Diana, Neptuno, Mercurio, Saturno, Febo, Marte, Júpiter, Anteo y Venus, en la clave Cupido, en las enjutas del arco se sitúan la Fe y la Justicia acompañadas de ángeles, y el friso se decora con escenas del Éxodo: a la izquierda la caída del maná y a la derecha la veneración de la serpiente de bronce. En la parte inferior del entablamento, que sobresale de los intercolumnios laterales, podemos observar el abrazo de San Joaquín y Santa Ana y el Nacimiento de la Virgen. Por otra parte, a cada lado se disponen tres tondos, a la izquierda Francisco de los Cobos, Julio César y un emperador (que podría ser Carlos V), y a la derecha, María de Mendoza, Santa Isabel y Santa Helena.
En el segundo cuerpo se dispone, en el centro, un relieve de la Transfiguración de Jesús en el Monte Tabor y, a los lados, esculturas de san Pablo y san Andrés.
Finalmente, en el tercer cuerpo, una triple ventana que alude a la Santísima Trinidad. A los lados de la puerta hay tenantes sujetan los escudos de los Cobos y los Mendoza.
La portada norte también es de tipo triunfal, con arco de medio punto central flanqueado por columnas pareadas sobre plintos en el primer cuerpo. En las enjutas hay canéforas, y en el friso observamos figuras mitológicas mitad hombres mitad serpientes.
El segundo cuerpo muestra un frontón semicircular en cuyo tímpano se representa al apóstol Santiago en la Batalla de Clavijo. Se flanquea con pilastras cajeadas en las que se representa al Arcángel san Gabriel a la izquierda, y la Virgen María, a la derecha. Sobre estas hay esculturas sedentes de San Pedro y San Pablo. El conjunto se remata con el Espíritu Santo en la clave sobre la que se sitúa un tondo con Dios Padre, que es sostenido por ángeles y un Niño Jesús de Pasión.
La portada meridional vuelve a ser un arco triunfal, con un vano de acceso de medio punto decorado con grutescos y tenantes en las enjutas entre pares de pilastras sobre pedestales. En los intercolumnios se representan jarrones y a los lados podemos observar a Abraham, a la izquierda, y Melquisedec, a la derecha.
En el segundo cuerpo hay tres calles divididas por pilastras. A la izquierda observamos a San Juan Evangelista, en el centro a San Marcos y a la derecha San Juan Bautista. A los lados hay esculturas sedentes de la Fortaleza y la Templanza.
Por último, la portada se remata con un frontón recto en cuyo tímpano se representa a la Caridad. En el exterior podemos ver una escultura del Niño Jesús en el vértice superior, y, en los laterales del frontón, esculturas de la religión cristiana (con una cruz) y de la religión judía (con las tablas de ley).