En esta iglesia, la parte que nos interesa es la cabecera del templo, ya que el resto es de construcción moderna. Se hizo siguiendo el modelo diseñado por Andrés de Vandelvira en la iglesia del convento dominico de La Guardia, y que también usó en el convento de San Francisco de Jaén, pero en este caso está simplificado y se ha seguido con libertad.
El presbiterio está marcado en planta, este se abre al crucero, y a los lados los brazos. En los cuatro ángulos hay pilares adosados sobre los que arrancan arcos torales de medio punto que limitan la bóveda de crucería y dan entrada al presbiterio, los brazos y la nave.
Cada uno de los soportes tiene adosado dos medias columnas con un pequeño plinto y capitel toscano. El fuste es acanalado con bastones de altura alternante en el tercio inferior, como es usual en Andrés de Vandelvira. Estas columnas se repiten en los ángulos internos de los brazos del crucero y del presbiterio.
El crucero se cubre con bóveda de nervaduras y el presbiterio con bóveda de cañón.