Iglesia de planta basilical con nave central y dos naves laterales, divididas en cinco tramos. La cabecera y los dos primeros tramos son de estilo renacentista, construidos en sillar y ateniendo a las trazas que realizó el arquitecto Andrés de Vandelvira. Los otros tres tramos son de construcción anterior y están realizados en sillarejo con sillar en las esquinas.
Andrés de Vandelvira también trabajó en la diócesis de Cuenca, en la catedral, pero también en San Clemente.
Allí intervino en la iglesia parroquial. Esta procedió a ser reedificada a fines del siglo XV, y con el fin de no interrumpir el culto, las obras se iniciaron por los pies. Se construyó de tres naves con capillas entre contrafuertes.
En torno a 1554, cuando ya habían sido edificados los tres primeros tramos y se habían cubierto con bóveda de crucería, se encargó a Andrés de Vandelvira que diera trazas y redactara condiciones.
El maestro alcaraceño pensó en utilizar pilares corintios con pilas y columnas adosadas. Estos pilares sostendrían bóvedas vaídas y una cúpula con pechinas en el crucero. La sacristía por su parte, siguiendo los modelos de la catedral de Jaén y del Salvador de Úbeda, es rectangular con arcosolios en los que se encajan las cajoneras.
Sin embargo, el Concejo de San Clemente encargó la ejecución de la obra a Juan de Orzolla, el cual modificó las trazas dadas por Vandelvira. Cambió las columnas corintias por jónicas y las bóvedas vaídas por otras de tercelete y estrellada.
