La ciudad de Huete se encuentra enclavada en las faldas de un cerro denominado El Castillo, en el que se pueden ver los restos de una antigua fortaleza de origen árabe. La presencia del hombre en esta tierra es conocida desde el final del Paleolítico Inferior (hace unos 100.000 años). En época romana la zona estuvo intensamente poblada debido a la actividad de las minas de lapis specularis, material que los romanos utilizaban para cubrir las ventanas de sus monumentos y viviendas.

En el periodo musulmán, el geógrafo Al Idrisi describe a Huete como una ciudad de carácter mediano enclavada en la Cora de Santaver (antigua Ercávica), que desde el año 873 perteneció a Musa Ben Zennun. A su muerte, en el año 908, Huete pasó a su hijo menor al-Mutarrif, que construyó parte de sus murallas.

El paso de Huete a manos cristianas se produce hacia el año 1150 con Alfonso VII, quien debió dejar la ciudad en manos de la familia Castro. Con la separación de los reinos de Castilla y León y minoría de edad del rey Alfonso VIII, los Castro como tenentes de Huete se enfrentaron a los Manrique de Lara en una importante batalla ocurrida en las inmediaciones en el año 1164. Finalmente, el entendimiento entre los respectivos monarcas propició el regreso de Fernando Rodríguez de Castro al reino de León y el paso de Huete a los Manrique de Lara.

Huete se convirtió en capital de un extenso territorio formado por casi 100 aldeas de las actuales provincias de Cuenca y Guadalajara. Al estar en la vanguardia, Huete fue adquiriendo un papel cada vez más destacado frente al poder andalusí.

Ello explica que el ejército almohade (formado por más de 100.000 personas, según las crónicas) con el califa Abu Yaqub Yusuf al mando, se dirigiera contra Huete, cercándola durante diez días. Una serie de sucesivas tormentas motivaron que el día de Santas Justa y Rufina los musulmanes decidieran abandonar el asedio, por lo que fueron nombradas patronas de la ciudad.

La Repoblación se realizó con gentes procedentes de poblaciones dependientes de la Casa de los Lara, principalmente de Atienza, Castejón, Medinaceli, Almazán, etc, que se asientan en la ciudad formando diez barrios, cada uno con su parroquia (Santa María de Atienza, Santa María de Castejón, Santa María de Lara, San Nicolás de Medina, San Nicolás de Almazán, Santiago, San Pedro, La Trinidad, San Miguel y San Esteban). Importante peso tenía en la población la judería, asentada en las faldas del Castillo. En 1290 se celebró en Huete, bajo la presidencia del rey Sancho IV, el padrón de las aljamas de los judíos castellanos.

Durante el Progrom de 1391, en el que fueron asesinados muchos judíos en España, los de Huete quedaron a salvo al ser protegidos en el Castillo. Desde el año 1300 residió frecuentemente en Huete el infante don Juan Manuel, autor de El Conde Lucanor. En 1314, enemistado con el rey, quiso apropiarse de la fortaleza de Huete y mandó talar el término como venganza. Después de las contiendas civiles que llevaron al destronamiento de Pedro I, el nuevo monarca, Enrique II entregó la ciudad al aragonés Pedro Boil. En 1388 Juan I concedió la población a doña Constanza, hija mayor de Pedro I, que al fallecer en 1395, heredó su hija la reina Catalina de Lancaster. Durante la primera mitad del siglo XV sería la familia Carrillo la que desempeñaría un papel principal en la ciudad. De este linaje destacó Pedro Carrillo, guarda mayor de la ciudad y halconero del rey Juan II, que intercedió para que se otorgara a Huete el título de ciudad el 26 de julio de 1428. En el pacto de los Toros de Guisando de 1468 entre Enrique IV y la infanta Isabel se estipuló que Huete pertenecería a la futura soberana, si bien, Lope Vázquez de Acuña, al que nombraron duque de Huete en 1474, no permitió que sus representantes tomaran posesión de la ciudad, convirtiéndose Huete en un punto de fricción entre los Reyes Católicos y la nobleza enemiga. En 1476 las tropas de los Reyes Católicos tomaron la ciudad incorporándola de nuevo al realengo. Estos soberanos le otorgaron a la ciudad el tratamiento de Noble y Leal el 28 de febrero de 1477. En esta época varios cortesanos optenses tuvieron influencia en la Corte. Este es el caso de fray Ambrosio Montesino, poeta que conmovió con sus versos a la reina Isabel, o de Alonso Díaz de Montalvo, que llevaría a cabo la redacción de las Ordenanzas Reales de Castilla por mandato de los Reyes, cuya primera y tercera impresión se llevó a cabo en Huete, en una de las primeras imprentas españolas.

Años después, la revuelta comunera en la ciudad estuvo encabezada por Juan de Sandoval, que estuvo nutrida por miembros de todos los estamentos. Una vez conocida la derrota de Villalar, los comuneros de Huete entraron en negociaciones con los gobernadores del emperador para solicitar el perdón.

La crisis económica que arrasó Castilla a finales del siglo XVI arruinó la pujante industria local y el comercio. Las múltiples plagas y epidemias que venían produciéndose desde 1591 alcanzaron su mayor desastre en la peste que asoló la ciudad en 1601, cuyas drásticas secuelas fueron conocidas por todo el Reino.

En 1706, durante la Guerra de Sucesión a la Corona Española, entraron las tropas anglo austriacas al mando del General lord Peterborough cometiendo numerosas atrocidades. El siglo de la Ilustración y la pérdida de poder de la Iglesia tuvo su huella en la ciudad en la expulsión de los Jesuitas en 1767 y en el auto de supresión de parroquias de 1777, en el que las diez parroquias de Huete quedaron reducidas a cuatro, San Nicolás de Medina, San Pedro, Santa María de Castejón y San Esteban. Con la llegada de las ideas liberales, en 1835 se desamortizaron todos los monasterios, dejando los templos de Mercedarios y Justinianas como sede de las parroquias de San Esteban y Santa María de Castejón. Como últimos acontecimientos de esta histórica ciudad citaremos la llegada del ferrocarril en 1883, o la instalación de alumbrado público en las calles de Huete en 1894.